La belleza natural de El Nido depende del estado de su medio ambiente. Las plantas y la fauna silvestre prosperará sólo en la medida de sus hábitats siguen siendo favorables para que puedan crecer y reproducirse a sus crías. Por desgracia, es la misma riqueza de los recursos naturales de El Nido de que la hace atractiva a la caza furtiva, tanto de los bosques y los arrecifes de coral. Patrullando en tanto, es necesario para prevenir, detener y, cuando sea necesario, las actividades destructivas del medio ambiente, como la pesca ilegal y la explotación forestal. La gestión de los residuos generados por los hogares, el turismo y la agricultura es otro componente de manejo del área protegida. La protección de El Nido significa proteger el delicado equilibrio de la naturaleza que engendra este lugar especial.